| RC Strasbourg til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Litex Lovech - RC Strasbourg 0-2 | | | | 23.06.2006 | RC Strasbourg - Litex Lovech 0-0 | |
| Middlesbrough til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Stuttgart - Middlesbrough 1-2 | | | | 23.06.2006 | Middlesbrough - Stuttgart 0-1 | |
| Palermo til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Slavia Prag - Palermo 2-1 | | | | 23.06.2006 | Palermo - Slavia Prag 1-0 | |
| Steaua Bukarest til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Heerenveen - Steaua Bukarest 1-3 | | | | 23.06.2006 | Steaua Bukarest - Heerenveen 0-1 | |
| Sevilla til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Lokomotiv Moskva - Sevilla 0-1 | | | | 23.06.2006 | Sevilla - Lokomotiv Moskva 2-0 | |
| Olympique Marseille til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Bolton - Olympique Marseille 0-0 | | | | 23.06.2006 | Olympique Marseille - Bolton 2-1 | |
| Rapid Bukarest til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Hertha Berlin - Rapid Bukarest 0-1 | | | | 23.06.2006 | Rapid Bukarest - Hertha Berlin 2-0 | |
| FC Basel til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | FC Basel - Monaco 1-0 | | | | 23.06.2006 | Monaco - FC Basel 1-1 | |
| Udinese til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Udinese - Lens 3-0 | | | | 23.06.2006 | Lens - Udinese 1-0 | |
| Zenit til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Rosenborg - Zenit 0-2 | | | | 23.06.2006 | Zenit - Rosenborg 2-1 | |
| Roma til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Club Brugge - Roma 1-2 | | | | 23.06.2006 | Roma - Club Brugge 2-1 | |
| Schalke 04 til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Schalke 04 - Espanyol 2-1 | | | | 23.06.2006 | Espanyol - Schalke 04 0-3 | |
| Lille til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Lille - Shakhtar Donetsk 3-2 | | | | 23.06.2006 | Shakhtar Donetsk - Lille 0-0 | |
| Hamburger SV til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | FC Thun - Hamburger SV 1-0 | | | | 23.06.2006 | Hamburger SV - FC Thun 2-0 | |
| Betis til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Betis - AZ Alkmaar 2-0 | | | | 23.06.2006 | AZ Alkmaar - Betis 2-1 | |
| Levski Sofia til 4. runde | |
| | 15.02.2006 | Petrzalka - Levski Sofia 0-1 | | | | 23.06.2006 | Levski Sofia - Petrzalka 2-0 | |
|
|