| AB til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | FC Zürich - AB 1-3 | | | | 02.10.1968 | AB - FC Zürich 1-2 | |
| Fenerbahce til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | Manchester City - Fenerbahce 0-0 | | | | 02.10.1968 | Fenerbahce - Manchester City 2-1 | |
| Anderlecht til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | Anderlecht - Glentoran 3-0 | | | | 02.10.1968 | Glentoran - Anderlecht 2-2 | |
| Manchester United til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | Waterford - Manchester United 1-3 | | | | 02.10.1968 | Manchester United - Waterford 7-1 | |
| Real Madrid til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | Real Madrid - AEL Limassol 6-0 | | | | 26.09.1968 | AEL Limassol - Real Madrid 0-6 | |
| Reipas Lahti til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | Floriana - Reipas Lahti 1-1 | | | | 02.10.1968 | Reipas Lahti - Floriana 2-0 | |
| Celtic til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | St. Etienne - Celtic 2-0 | | | | 02.10.1968 | Celtic - St. Etienne 4-0 | |
| AEK Athen til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | AEK Athen - Jeunesse d'Esch 3-0 | | | | 02.10.1968 | Jeunesse d'Esch - AEK Athen 3-2 | |
| Benfica til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | Valur - Benfica 0-0 | | | | 02.10.1968 | Benfica - Valur 8-1 | |
| Rapid Wien til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | Rosenborg - Rapid Wien 1-3 | | | | 02.10.1968 | Rapid Wien - Rosenborg 3-3 | |
| Ajax til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | Nürnberg - Ajax 1-1 | | | | 02.10.1968 | Ajax - Nürnberg 4-0 | |
| Spartak Trnava til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | Steaua Bukarest - Spartak Trnava 3-1 | | | | 02.10.1968 | Spartak Trnava - Steaua Bukarest 4-0 | |
| Milan til 2. runde | |
| | 18.09.1968 | Malmö FF - Milan 2-1 | | | | 02.10.1968 | Milan - Malmö FF 4-1 | |
|
| Røde Stjerne Beograd til 2. runde uden kamp, da Carl Zeiss Jena trak sig | |
|
| 31. august 1968 ændrede UEFA den oprindelige lodtrækning på grund af Warszawa-pagtens invasion af Czekoslovakiet. For at undgå polistiske komplikationer ændredes lodtrækningen i de kampe, hvor vest-europæiske hold skulle møde øst-europæiske hold:Ferencvaros - CelticLevski Sofia - AC MilanFC Zürich - Dinamo KievSpartak Trnava - Malmö FFSteaua Bukarest - ABSt. Etienne - Ruch Chorzow | |
|
| Følgende hold trak sig dog alligevel: Carl Zeiss Jena, Dinamo Kiev, Ruch Chorzow, Levski Sofia og Ferencvaros | |
|
|
|